La Facultad de Ciencias Médicas fue fundada mediante el Decreto Presidencial nº 82/2000, de fecha 2 de agosto. Los estudios de Medicina en el curso académico 2000-2001. Estaba constituida por dos carreras en seis departamentos Pedagógicos.

Carreras:

1. Medicina
2. Enfermería

Departamentos:

1. Ciencias Básicas
2. Ciencias Básicas de la Clínica
3. Ciencias Quirúrgicas
4. Salud Pública
5. Formación Complementaria
6. Investigación y Postgrado.

Mediante un estudio riguroso mandatado por el Rector Magnífico y avalado por un Gabinete Internacional de Expertos en la materia, la Escuela Universitaria de Sanidad y Medio Ambiente se extingue y sus formaciones pasan a impartirse en la Facultad de Ciencias Médicas, esta última pasando a llamarse Facultad de Ciencias de la Salud.